La génomique « Le génotypage, pas aussi précis que les tests sur descendance »
L’objectif est de calculer une évaluation génomique basée sur le profil Adn de l’individu. La technique est applicable à toutes les caractéristiques de l’évaluation traditionnelle, elle permet d’estimer la valeur génétique d’un taureau ou d’une génisse dès sa naissance.
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Mario Séguin, directeur adjoint à la génétique et responsable de l’expertise-conseil en génétique au Ciaq (Centre d’insémination artificielle du Québec) a expliqué la mise en œuvre de la sélection génomique au Canada à l’occasion de l’assemblée générale de l’organisme de sélection Prim’Holstein.
Impacts de la génomiqueSur la sélection des taureaux |
La génétique, c’est l’étude de la transmission héréditaire des caractères exprimés par un individu. Il s’agit d’évaluer les performances des filles à taureaux et le pointage des vaches en lactation.
La génomique, c’est la lecture et l’interprétation des molécules du génome, un outil de sélection de plus en plus utilisé, en grande partie grâce à l’évolution des coûts d’analyse.
Les méthodes de mesures traditionnelles sont souvent biaisées, la moyenne parentale, la descendance et les performances sont en effet faussées par le traitement préférentiel des individus à fort potentiel.
En revanche, la valeur génomique directe, basée uniquement sur l’information génétique de l’Adn est 100 % non biaisée.
La génomique permet un gain de fiabilité, c’est-à-dire réduire l’écart entre la prédiction et la valeur génétique réelle de l’individu. Mais le génotypage n’est pas aussi précis que les tests sur descendance.
Pour les éleveurs, une question importante à se poser, est si le risque d’une fiabilité intermédiaire par rapport aux taureaux éprouvés sur la descendance vaut l’investissement.
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Année
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Test
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Nombre de marqueurs
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Prix par marqueur
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1990
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Test génétique
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1
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40 $ (31 €)
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2000
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Microsatellites
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12
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3 $ (2,3 €)
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2005
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Snp
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10 000
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0,04 $ (0,03€)
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2007
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Snp
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50 000
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0,007 $ (0,005 €)
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2008
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Snp
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50 000
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0,005 $ (0,003 €)
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L’accroissement de la fiabilité apporté par la génomique et le fait que les résultats obtenus ne sont pas biaisés justifient son emploi, surtout pour la sélection des jeunes taureaux.
Le génotypage peut permettre un progrès génétique plus rapide, notamment sur les caractères à faible hérédité. Mais il faudra toujours les données phénotypiques et les évaluations, le testage reste le moyen le plus fiable aujourd’hui d’éprouver un taureau.
Questions des éleveurs à Mario SéguinEst-ce que la génomique pourrait conduire à une augmentation de la variabilité génétique ou au contraire à une concentration ?
L'objectif de la génomique est aussi de découvrir de nouvelles familles jusqu'ici peu ou pas utilisées et de les proposer aux éleveurs. La démarcation de ces nouvelles familles augmenterait alors la variabilité. Peut-être y aura-t-il un intérêt pour de nouveaux caractères proposés ou bien les demandes se concentreront sur certains et il y aura une concentration de la variabilité.
Qu’est-ce que la génomique a changé dans le processus de testage en Amérique du Nord ?
Le testage traditionnel commence à 15 mois, avec un programme de saillies visant à produire 100 filles par taureau pour éprouver la progéniture. Aujourd’hui, il y a en plus une présélection des taureaux dans le but d’améliorer le taux de retours en service. Cela permet d’utiliser une partie de ces taureaux génotypés pour être les pères de jeunes taureaux de la nouvelle génération et qui seront génotypés à la ferme.
Quels sont aujourd’hui les freins au développement de la génomique ?
Il y a d’une part le coût, et d’autre part les réticences des éleveurs qui peuvent avoir plus à perdre qu’à gagner par le génotypage de leur troupeau. En ce qui concerne le coût, il est aujourd’hui de 250 $ (191 €) par animal, nous essayons de faire développer des puces de génotypage avec moins de marqueurs pour diminuer le prix. Les puces de génotypage utilisées actuellement sont universelles, pour les bovins lait, seul 3000 à 4000 marqueurs ont un effet important et si on en analyse que 300, la perte d’information serait minime par rapport à la diminution du prix. L’enjeu est de fournir aux éleveurs un outil avec un bon rapport information prix.
Y a-t-il un risque que les taureaux éprouvés ne soient plus utilisés ?
Certains éleveurs utiliseront sans doute les jeunes taureaux sans attendre les taureaux vedettes, mais la plupart continueront à utiliser de la semence de taureaux confirmés.
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